Sekretariatet ledes av Generalsekretæren. Det består av FNs personale som utfører organisasjonens daglige arbeid. Med andre ord er alle menneskene som jobber for FN medlemmer av organet. Det har hovedsete i New York, men har lokaler over hele verden. Sekretariatets ansvar er å tjene de andre FN organene, og administrere program og retningslinjer de fastsetter.
Generalsekretæren er FNs øverste administrative leder. Han assisteres av en internasjonal stab av ansatte. I motsetning til diplomater som representerer et bestemt land, jobber man her for alle FNs medlemsland. De ansatte tar ikke ordre fra sine regjeringer, men fra Generalsekretæren.
FN-systemet som helhet har rundt 50 000 ansatte. Omtrent 4 500 av dem jobber ved hovedkontoret i New York.
Funksjoner:
Å samle inn kunnskap og bakgrunnsinformasjon om de problemene som skal behandles, slik at de ulike delegasjonene kan orientere seg ut fra fakta når de skal gi anbefalinger;
Å bidra til iverksetting av vedtakene til FN;
Å organisere internasjonale konferanser;
Å tolke taler og oversette dokumenter til de offisielle språkene FN bruker.